来自一个神社的少女日暮戈薇，是最普通的初三学生。15岁生日那天由家中的井时间旅行到了500年前的战国时代，在那里和被封印的半妖？D？D犬夜叉相遇了。犬夜叉，据他说是为了得到能够实现一切野心的妖力而想要得到四魂之玉成为完全的妖怪。但是，什么都不知道的戈薇，解开了犬夜叉的封印。接着，戈薇射出的箭命中了四魂之玉，四魂之玉变成碎片飞散了。
即使只是碎片也拥有很强的妖力的四魂之玉，不可以落到邪恶的妖怪们手中。最初戈薇受不了粗暴任性的犬夜叉，但是在了解犬夜叉从不将弱者置之不顾的性格后，慢慢对犬夜叉产生了好感。不久，小狐妖七宝、不良法师弥勒、妖怪退治师珊瑚和其同伴云母也加入了，犬夜叉他们为了四魂之玉碎片和成群的妖怪们战斗的旅程开始了。
其中有一块四魂之玉的碎片就掉在了“不归之森”，被从中国而来的妖怪玛瑙丸得到。得到了四魂之玉碎片的玛瑙丸力量大增，而为了继承父亲的力量的他，企图解开父亲的封印。但解开封印需要犬夜叉的铁碎牙，于是他开始袭击犬夜叉一行人，使得云母叛变，弥勒的风穴被复制，阿篱也被其妖术控制，再一次将犬夜叉封印。而在阿篱清醒后，桔梗出现并对她说：“这两个世界的出口即将封闭....."在桔梗的劝说下，阿篱回到了原来的世界，而两个世界的出入口也被堵上了，是否犬夜叉和阿篱就会这样被分开了呢
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