居住在群马县涉川市秋名山的普通18岁高中生藤原拓海,因为从初中一年级时就被开豆腐店父亲文太逼着在凌晨开车送豆腐到秋名山顶的饭店，连续5年从未间断过而锻炼出超高水准的驾驶技术。 在秋名山赛车队?D?Dspeedstar的池谷（也是拓海在加油站的打工前辈）、健二，好友武内树，女友茂木夏树，父亲文太，裕一（加油站老板，文太的老朋友）等人的帮助下，拓海逐渐成长起来，也慢慢意识到自己是热爱赛车的。
从第一战击败了赤城最速的车队“REDSUNS”鼎梁支柱高桥凉介、启介兄弟俩中的弟弟启介开始，拓海连续战胜了妙义山“NightKids”的首领中里毅，“KightKids”的第二把交椅庄司慎吾（比赛的方法是“死亡胶布赛”，即用胶布绑住右手，这样方向盘无法扭尽！），锥水山的最快?D?D蓝色SIL-80（车手是一对漂亮MM真子与沙雪，此战在锥水山展开），雨中在妙义山打败了“REDSUNS”的第二把交椅候补中村贤太。
在头文字第一部的最后，拓海接受了来自“REDSUNS”高桥凉介的挑战，凉介被誉为“赤城的白色彗星”，可以说是群马县的领袖，无论是在运动赛、公路赛上都保持着不败的记录。二人实力不分上下，最后拓海堪堪胜出。凉介微笑着留给拓海一句话：“不要着眼于眼前，向更广阔的世界前进吧！
藤原拓海，秋名的传奇人物，拥有不败战绩的年轻车手，接受了新的挑战。
须藤右一，为报一年前被高桥凉介彻底击败的仇，带领Manster车队，逐一挑战群马的车队。当他们轻易的打败了Thunders、NightKids等强队是却意外的听到，高桥已被秋名的86打败。右一的伙伴不已为然，驾驶拉力型赛车LanEvo4应战，因为不听右一的计划而惨遭失败。拓海在与女友关系破裂后，应邀到赤诚与右一比赛，终因86不敌LanEvo3的强大力量，引擎故障而被击败。
事后，拓海的父亲文太，为86改装了标准赛车用引擎，为了使拓海了解新车的能力，封印了引擎的能力。同时，再赤诚，高桥又一次打败了右一。
从玉琦来的秋山兄妹--秋山度与秋山和美，在巧合下认识了树与拓海。度发现了引擎的问题，并邀拓海决战。万般无奈下，拓海请教了群马的前辈，完全解开了86的封印，又在与度的消耗战中，掌握了控制新86的方法，赢得了比赛。
与前作比较，头文字D的第二部在许多方面有了较大的进步。3D的车辆造型已摆脱了前作中的生硬感，车体的动作也十分流畅，人物的描绘也变的细腻，加上许多新的特效，可以说很完美。看过第一部的朋友决不可错过.
拓海向茂木提出分手后，茂木不甘心地再度展开攻势。转眼即将进入冬天，在文化祭举行前夕，拓海发现茂木的好友白石就是打电话给自己的人，而茂木援交的对象竟然是白石的父亲！但拓海却没有察觉到，白石一直暗恋着他。（拓海在他们学校女生的“最有型的男生”评选中，在三年级七组中排行第二耶！）拓海逐渐掌握86新引擎的性能，同时也深刻地体会到自己的不足之处，但是以池谷前辈等人的水平又无法教导他更多的知识，而父亲文太又不是那种肯给他建议的人。就在这时，高桥凉介再度出现在拓海面前，并邀请他加入新组建的远征队伍。凉介更一针见血地指出拓海现在应该明白自己遇到的障碍，如果和他们一起去远征的话，凉介不仅可以提供经济、技术、维修等支持，还可以借此传授机械及比赛必备的知识等。但是现在的拓海对自己的技术和新86的战斗力还没有信心，所以无法马上答复。接着他又致电给凉介，询问须藤京一的所在地，毕竟败给京一是拓海心中无法忘却的耻辱。（拓海呀，为何连打电话都会脸红呢？而且还紧张得语无伦次……很可疑哦^m^还有アニキ， “京一是我的老朋友，要找他随时都可以。”这又是怎么一回事呢？按凉介大人的个性来说，一般不会明言对某人的喜恶，但却说“非常讨厌京一”，可又是“老朋友” ……呵呵呵，越来越容易引人妄想了^^）第二天晚上，拓海驾驶着新86来到了京一的地盘?D?D枥木县伊吕波坂山道。在这单向行驶的山道上，与京一展开了一场激烈的比赛。因为依然采用了前追后赶的“突然死亡法”，所以最终带头的拓海以半个车位领先而与京一扳成平手。（从京一的言语间可以看出，以前他也是在自己的地盘输给凉介的。）此战令拓海信心备增，他决定加入凉介的新车队。
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